修复水生态仅仅改善水质指标是不够的，还需要重建生物群落。生物的新陈代谢活动驱使物质循环，形成水体的自我净化能力。具备这种能力的水体才具有较为稳定的生态系统和良好的自然景观。
水环境是我们赖以生存的自然条件，污染物排放是我国江河湖泊水质恶化和生态灾变的主要根源。当前，削减面源污染、截除点源污染，以及清淤、拆围等措施成为水环境治理的主要手段，我们还按照《地表水环境质量标准（GB3838—2002）》制定了河湖长制的责任目标。这些措施和制度有效遏制了水环境的恶化，但同时也存在成效不稳定、易反复，重水质轻生态等问题，一些地方甚至简单采取换水和固化岸坡等办法，为了快速实现水质达标反而进一步破坏了生态。
水质是水生态健康的决定性因素之一，但修复水生态仅仅改善水质指标是不够的，还需要重建生物群落。自然水体孕育着各类动物、植物、微生物，这些生物的新陈代谢活动驱使物质循环，形成水体的自我净化能力。具备这种能力的水体才具有较为稳定的生态系统和良好的自然景观，即使在季节更替中有个别水质指标短暂超过水质评级范围，之后也会自行恢复。相反，一些靠高成本手段维持水质的水体，即使表面上达标，实际上不具备良好的自我净化能力。因此，修复水环境要有生态理念。
目前的地表水环境质量标准主要涵盖化学需氧量、氨氮、总磷、总氮、部分重金属、溶解氧等理化指标，对于水质评价来说易于监测和比较。围绕评价指标这根指挥棒，对于受污染水体的治理往往停留于截污和围网拆除，忽视进一步的生态修复措施，导致治理效果反复不定。从另一方面来看，单项指标决定水质评级有时又导致过度投入和浪费。因此，无论从评价的科学性还是从约束导向作用来看，对水体的评价都需要引入生态指标进行综合考量。
近年来，相关部门和省市曾尝试制定包括理化因子、生物因子、水文景观等多方面指标的河湖健康评估技术导则，是对于全面评价水体健康水平做出的宝贵尝试。但由于目标不同，其指标体系凝练程度和评价方法与基层生态环境部门评价水体的实际需求尚不能吻合。以生态理念指导水环境的保护和修复，全社会对于生态的认识是基础，评价指标的“指挥棒”是关键，生态修复的投入和技术手段则是动力和支撑。为此建议：
加强生态理念的宣传，做好水环境科学的普及。科学普及的对象要抓住关键人群，首先是全国的河湖长，其次是相关部门和社会公众，通过上岗培训、参观示范、媒体传播、学校教育等途径，把水生态和水环境的道理讲明讲透，使之深入人心并指导实践。
引入生态因子，进一步完善内陆水体的评价指标体系。参考欧盟、美国等地的水生态评价标准，依靠我国研究力量，针对我国实际需要和地域特征，凝练出易监测、可考核的核心生态指标，与水质指标协同运用，制定综合评价体系。推行生态评价标准可分两步走，第一步仍以水质作为主要评价指标，但以生态指标作为参考，矫正评级结论的偏差；第二步全面推行水质和生态的综合评价标准体系，作为水体考核评级的依据，同时为新标准的推行准备好监测技术力量。
加大治水投入，发展和推广水生态修复技术。绿水青山就是金山银山，生态也是财富，修复也是发展。要加大财政投入，撬动社会资本，调动科研力量开展技术研发，培植专业从事水生态修复的环保企业，推动技术流程的标准化和向环保企业的转移转化。要做到政府有目标、投入有着落、技术有支撑，使水体生态既可修复又可维护。